菌盖表面有皮层。在皮层菌丝里含有不同的色素，因而使菌盖呈现各种不同色泽。皮层下面便是菌肉，一般由长型的丝状菌丝组成，有的则由膨大的泡囊状菌丝组成。菌肉颜色以及受伤后颜色的变化，常因种类不同而不同。一般菌肉多呈白色或污白色，有的呈淡黄色或红色等。例如牛肝菌菌肉受伤后多变为青蓝色，稀褶黑菇先变成红色后变黑色，卷边网褶菌伤后变褐色，而变黑蜡伞伤后变成黑色。
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